Айдер Сулейманович Исмаилов родился 24 мая 1977 года в городе Маргилан Ферганской области Узбекской ССР.
В 1978 году его семья переехала в Краснодар (РСФСР), а затем в 1987 в Крым. Поселилась семья Айдера Исмаилова в городе Бахчисарай.
В 1994 году окончил Бахчисарайскую среднюю школу №2, а в 1995 году поступил на теологический факультет Сельджукского университета в г. Конья Турецкой Республики. Закончив в 2001 году обучение в Сельджукском университете, получил квалификацию «богослов, преподаватель основ Ислама». В том же году поступил в аспирантуру на кафедру «Исламского права» Института социальных наук Мармаринского университета г. Стамбула (Турция). В 2004 году защитил диссертацию на тему «Религиозно-правовые вопросы, возникшие в среде крымских татар и поиски путей решения» и получил ученую степень кандидата наук Исламского права (фикх).
По окончанию аспирантуры вернулся в Крым и с 2004 по 2008 годы преподавал в Азовском медресе высших исламских наук при Духовном управлении мусульман Крыма.
В 2008 году на IV Курултае мусульман Крыма был избран заместителем Муфтия Крыма.
В 2011 году на очередной отчетно-выборной конференции общественной организации «Азизлер» был избран председателем организации.
В 2013 году после V Курултая мусульман Крыма, по решению Совета Духовного управления мусульман Крыма был вновь выбран заместителем Муфтия мусульман Крыма.
06 ноября 2018 года Советом ЦРО Духовное Управление Мусульман Республики Крым и г. Севастополь Айдер Исмаилов вновь переизбран заместителем Муфтия Крыма.
Айдер Исмаилов женат, воспитывает двоих сыновей и двоих дочерей.